molecular biology ورقة بحثية

Locating Evolutionary Rate Inflection Points on Whole-Genome SNV Similarity Curves and Their Application in Identifying Key Mutations in Language/Cognition Genes

تستخدم هذه الدراسة تسعة مقاييس للمسافة لتحليل نقاط انكسار معدل التطور في منحنيات تشابه متغيرات النوكليوتيدات المفردة (SNV) عبر 413 عينة، كاشفةً أنه في حين تُظهر الجينات المعرفية عموماً ترددات أعلى للتغير التطوري، فإن طفرات محددة في الجينات المرتبطة باللغة (NFXL1، SRGAP2، SRGAP2C) تتقاطع بشكل فريد عند منعطفات تطورية حرجة، مما يشير إلى دورها المتميز في تطور القدرات المعرفية.

Zhang, Z., Xu, Y.2026-08-06

📄 molecular biology

Deletion of the ribosomal protein gene rpmJ activates zntA transcription through a translation-dependent mechanism in Escherichia coli

يؤدي حذف جين البروتين الريبوسومي *rpmJ* في بكتيريا *Escherichia coli* إلى تعزيز نسخ جين *zntA* ومنح مقاومة للزنك من خلال آلية تعتمد على الترجمة تشمل محفز *zntA* الأصلي والمنطقة المشفرة للنهاية الأمينية (N-terminal)، وهي عملية يتم عكسها عن طريق التعبير الوراثي المفرط للبروتين المتماثل (paralog) الخاص بـ RpmJ وهو YkgO.

Shirakawa, R., Ishikawa, K., Furuta, K., Kaito, C.2026-08-06

📄 molecular biology

Structural and functional insights into multiple BAM-bound conformations of BepA enabling substrate triage at the outer membrane

تستخدم هذه الدراسة بنيات المجهر الإلكتروني برد التجميد (cryo-EM) والتحليلات الوظيفية للكشف عن كيفية تنظيم إعادة الترتيب التشكيلي المتميز للحلقات 6 و9 في بروتين BepA لأدواره المزدوجة في التفاعل مع الركيزة والتنشيط البروتيني أثناء عملية فرز LptD عند معقد BAM.

Miyazaki, R., Kimoto, M., Kohga, H., Nishi, T., Sawasato, K., Takahashi, Y. S., Asai, S., Daimon, Y., Suzuki, T., Laksmi (…)2026-08-05

📄 molecular biology

FAM136A is an essential chaperone for mitochondrial membrane protein biogenesis

تحدد هذه الدراسة البروتين FAM136A باعتباره مرافقًا جزيئيًا محفوظًا وضروريًا يقع في الحيز بين الغشائي للميتوكوندريا، حيث يعمل على إذابة وتسهيل إدخال القنوات المعتمدة على الجهد (VDACs) ووحدات فرعية محددة من سلسلة نقل الإلكترون في الغشاء الخارجي للميتوكوندريا.

Ernst, M., Zhang, J., Xu, H., Ma, A., Boegeholz, L. A. K., Szabo, M., Wang, T.-Y., Chou, T.-F., Guna, A., Voorhees, R. M (…)2026-08-04

📄 molecular biology

Genome-wide definition of the CosR regulon and DNA-binding properties in Campylobacter jejuni

تستخدم هذه الدراسة تقنيتي ChIP-seq وDNase I footprinting لتحديد تنظيم "CosR" على مستوى الجينوم في بكتيريا *Campylobacter jejuni*، مما يكشف عن نمط ربط الحمض النووي ثنائي الأجزاء الخاص به، والتنظيم الذاتي، وإعادة التشكيل المستجيب للأكسدة للعمليات الخلوية الأساسية تحت ظروف الإجهاد التأكسدي.

Chiti, E., Odorici, T., Noszka, M., Muraszko, J., Zannoni, A., Anna Zawilak-Pawlik, A., Vannini, A., Roncarati, D.2026-08-04

📄 molecular biology

A modular lentiviral system for multiplexed gene perturbation and functional analysis suggests interdependence of hormone receptors in breast cancer growth in vivo

تقدم هذه الدراسة نظاماً فيروسياً عدوياً (lentiviral) متعدد الاستخدامات وتركيبياً يتيح إجراء اضطرابات جينية متعددة ومراقبة المظاهر الحيوية في الوقت الفعلي، مما يثبت من خلال نماذج سرطان الثدي داخل الجسم أن نمو الأورام ذات المستقبلات الإستروجينية الموجبة (ER+) يعتمد على النشاط المتبادل لمستقبلات الإستروجين والبروجسترون والأندروجين.

Alam, S., Matvienko, D., Boström, J., Pires, M. J., Papadimitropoulou, A., Eshtad, S., Sanjiv, K., Qian, H., Valerie, N (…)2026-08-03

📄 molecular biology

Molecular factors shaping small RNA content in mouse sperm

تستخدم هذه الدراسة المعرفات الجزيئية الفريدة والمواد المضافة (spike-ins) لتوصيف الديناميكيات الانتقائية، والمرتبطة بالبروتين، والاستجابية لعملية التجهيز (capacitation) للحمض النووي الريبي الصغير في حيوانات السائل المنوي لدى الفئران، مما يؤدي إلى حل التحيزات التقنية وتوضيح العوامل الجزيئية التي تشكل مجموعة الحمض النووي الريبي الصغير في الحيوانات المنوية.

Wu, P.-H., Perillo, G., Allen, G. E., Shehzada, S., Shibata, K., Ueberheide, B., Conzelmann-Prin, S., Darques, M. V., Sh (…)2026-07-31

📄 molecular biology

Branched C7-Substituted 7-Deaza-SAH Analogues Occupy the Entire SAM-Binding Pocket of Mpox Virus VP39 and Dengue Virus NS5 Methyltransferases

من خلال التصميم الموجه بالبنية، طور الباحثون نظائر متفرعة من مركبات 7-deaza-SAH مستبدلة بـ C7 ذات فعالية عالية تشغل جيب ارتباط SAM بالكامل في إنزيمات ميثيل ترانسفيرازيز (methyltransferases) الخاصة ببروتين VP39 لفيروس جدري القرود وفيروس حمى الضنك NS5، مما يبرهن على استراتيجية متعددة الاستخدامات لتثبيط الإنزيمات الفيروسية متباينة البنية.

Stefek, M., Klima, M., Otava, T., Chalupska, D., Dejmek, M., Nencka, R., Boura, E.2026-07-30

📄 molecular biology

Structure-free, site-resolved contrastive learningextends small-molecule discovery beyond the reachof structure-based modeling

تقدم الورقة البحثية نموذج Ptarmigan-1، وهو نموذج تعلم تبايني خالي من البنية ومحدد المواقع يتيح الفحص الافتراضي السريع والدقيق عبر أهداف بروتينية متنوعة —بما في ذلك المواقع الخفية وغير المنتظمة— وذلك عن طريق تضمين تسلسلات البروتين والهياكل الكيميائية ثنائية الأبعاد مباشرة دون الحاجة إلى بناء وضعية ثلاثية الأبعاد صريحة.

Fondrie, W. E., Canzani, D., Tatka, L., Paez, J. S., Prymolenna, A., Gutierrez, A., Robbins, J., McEllin, B., Hubbard, E (…)2026-07-30

📄 molecular biology

Aquatic bacterial metabolic rates from RNA quantitative stable isotope probing (RNA-qSIP) depend on experimental design

تُظهر هذه الدراسة أن عوامل تصميم التجربة، وتحديداً نوع المفاعل الحيوي وتعقيد الركيزة الكربونية، تؤثر بشكل كبير على تقديرات معدل الأيض للبكتيريا المائية المستمدة من تتبع النظائر المستقرة الكمي للحمض النووي الريبوزي (qSIP)، مما يقدم توجيهاً حاسماً للتطبيقات المستقبلية لهذه الطريقة في البيئات المائية.

Ahern, O., Bulseco, A., Smith, A., Weissman, J., Vallino, J. J., Huber, J. A.2026-07-29

→ السابق التالي ←